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食用菌栽培习惯上属于农业，农业生产比较粗放，人们常常把植物栽培习惯带到食用菌生产里来，这种习惯对食用菌生产非常不利。植物对大部分微生物有天然抵抗力，而食用菌对多数杂菌没有抵抗力。自然环境中充满了各种各样的微生物，微生物生长繁殖速度惊人。细菌繁殖一代的平均时间不到20分钟，在温度、湿度、营养满足的情况下，一个细菌几小时后就可以变成几百万个，一天可以变成几十亿个甚至上百亿个。食用菌比细菌、霉菌、酵母菌的生长速度慢很多，栽培食用菌过程中特别容易发生污染。
搞过食用菌的人都有过发生污染的经历。污染的比例跟设备条件、技术水平、管理水平密切相关。设备条件好、技术好的污染率低，相反污染率比较高。由于绝大多数生产的单位，设备条件、环境条件和技术条件比较差，总体上全行业的平均污染水平大概在20%左右，这就意味着全国每年近800万吨原料浪费。这是一个相当惊人的浪费，对具体生产单位来说是一个很高的成本。
造成污染的原因：
首先是一些杀菌不彻底的工艺，包括不蒸料的发酵工艺，半熟料工艺，巴氏消毒工艺。这些工艺没有达到彻底的杀菌，而食用菌栽培生产周期漫长，污染随时可能在生产过程中爆发。物料彻底杀菌是规模生产最基本的要求。
其次是接种的环境条件。食用菌生产还是中小农户居多，生产环境差，常年生产的环境都有大量的微生物，原料、废料堆和接种空间距离很近，接种间不能够保持密闭，完全跟环境相连，这样特别容易造成杂菌污染。
第三是在接种操作过程中带来污染，环境、设备、人员工具消毒不彻底，在接种时杂菌带进来，杂菌生长的速度远大于食用菌生长速度，哪怕只带进来一个杂菌，最终也会造成严重污染。
第四大因素是使用不合格的菌种，老化的菌种生长缓慢，恢复活力慢，对杂菌缺乏足够的竞争性抑制，一个菌棒中即使有一个杂菌感染，最后也造成整个的菌棒报废。还有很多菌种本身就染了杂菌，使用这样的菌种自然也就很危险了。
第五是杀菌不彻底造成的污染，这个原因最受大家重视，但现实上灭菌不彻底造成的污染并不多。现有的熟料栽培蒸料时间常压多在24小时以上，高压多在6小时以上。这样的温度和时间是完全可以实现彻底杀菌的。出问题也只是出现在蒸料死角、破袋、微孔、冷却吸入杂菌的问题上。（作者：张贺迎教授）