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北方设施大棚在栽培季节的选择上相比南方自然气候要更为灵活多样，这也是北方羊肚菌栽培的优势。羊肚菌的生长温度范围在4-20℃之间，低于0℃则处于停滞生长状态，原基和小菇阶段避免出现4℃以下的低温，地温长期高于16℃（环境温度长期大于25℃），则很难再有新的原基发生。因此，可依据羊肚菌的生产发育条件和设施大棚的保温降温能力确定生产方案。
目前推行的栽培方案有：
秋冬茬
7-9月份菌种制作，9-10月份播种，11月底出菇，1月底采收完毕。主要以北方暖棚种植为主，在9-10月份以闭棚、喷水降温后播种，12月份之后通过阳光照射增温、设施保温，确保原基和菇子的正常发育，实现年前出菇上市的目的。
越冬茬
北方的冬季寒冷干燥，通常有一段时间的冻土期，在土壤上冻之前完成养菌工作，温度回暖解冻之后实现出菇的栽培方案称之为越冬茬羊肚菌种植。栽培时间需依据当地气候变化和棚子保温效果确定，以陕西榆林为例，每年10月中旬进行播种，一周后进行外源营养袋的摆放，11月底进入低温期，生长停滞，到次年2月下旬开冻，转入催菇、出菇过程；以新疆乌鲁木齐周边为例，适宜的播种时间为9月上旬，11月初开始进入冻土期，第二年3月下旬开冻，5月中下旬至6月上旬为采摘期，6月中旬生产基本结束；内蒙古北部及辽宁一带则以每年9月中下旬开始播种，十一月上中旬进入冻土期，次年3月底到4月上旬开冻，6月中旬生产结束。越冬茬主要以常规蔬菜大棚种植为主。
早春茬
早春茬主要实现的是初春时节，动土期结束后播种，随后和常规大田栽培方案一致，进行外源营养袋补料，养菌，催菇，出菇。早春茬要求在五六月份以后，棚子设施（棉毡或外部降温设施）能有一定的降温能力，确保菇子正常发育。以山西太原地区为例，春季3月上中旬开始播种，播种后1周进行外源营养袋释放，4月底中下旬催菇，4月底至5月上旬出菇，在设施降温到位的情况下，可将生长周期延后至7月中旬。羊肚菌早春茬的种植以温棚和暖棚利用为主，必须有棉毡、草帘等避光降温措施。
播种时间的判断
无论是何种生产方案，羊肚菌的播种时间选择都比较重要，播种早则温度高，易造成菌丝发菌纤细，活力弱，且容易染杂；播种晚，则秋冬茬出菇晚，达不到预期采摘期上市的目的，越冬茬则容易在低温期来临之前外源营养袋营养还转化不完全，造成营养浪费，影响最终产量，早春茬播种晚时也会有出菇晚、容易遭遇后期高温的麻烦。虽然，从播种到出菇最短的时间可压缩至27d，但秋冬茬和早春茬的理想播种到出菇时间需控制在40-55天，才能保障有足量的营养转化和储备；同样越冬茬的理想播种到上冻时间控制在1.5个月左右，最迟保证有一个月的适宜生长期，重点是确保土壤内的菌丝网络在冻土期来临之前储备足量的营养而顺利越冬。如若播种到出菇或到上冻之间的间隔较短，可将摆放外源营养袋的时间提前至播种后0-7d，在发菌的同时进行营养转化；或将外源营养袋做成小袋、增加密度的方法，实现营养的快速转化，也可通过棚子的保温措施、或箱面覆盖稻草等起到适当保温的目的延长营养转化时间。